Jadransko-jonska inicijativa osnovana je na Konferenciji o sigurnosti i razvitku Jadranskog i Jonskog mora u Anconi, 19. - 20. svibnja 2000. godine, na kojoj je usvojena Ankonska deklaracija, kojom se članice obvezuju na suradnju na jačanju mira i sigurnosti u tom dijelu Europe, dobrosusjedske odnose, gospodarski razvoj, kopnenu prometnu povezanost, suzbijanje svih oblika kriminala, tehničku pomoć, zaštitu okoliša, zdravstvenu i kulturnu suradnju, razvoj turizma i pomorsku suradnju.
Ustrojeno je Jadransko-jonsko vijeće (JJV) na ministarskoj razini koje odlučuje o svim temeljnim i specifičnim pitanjima, uključujući područja i oblike suradnje država sudionica Inicijative, suradnje s ostalim međunarodnim organizacijama i inicijativama te političkim pitanjima u regiji.
Rad Inicijative odvija se kroz okrugle stolove koji su podijeljeni u četiri tematske cjeline: Okrugli stol za okoliš i zaštitu od požara, Okrugli stol za turizam, kulturu i međusveučilišnu suradnju, Okrugli stol za malo i srednje poduzetništvo i Okrugli stol za promet i pomorstvo.