Zbog velikih promjena koje čovjek uzrokuje u prirodi i prekomjernog korištenja prirodnih resursa dolazi do narušavanja prirodne ravnoteže. To se prije svega očituje u sve bržem nestajanju i izumiranju vrsta na Zemlji.
Neke su vrste ugrožene zbog izravnog utjecaja na njihove populacije (lov, uzimanje iz prirode, unos novih predatora u ekosustave u kojima ih prije nije bilo i sl.), a neke zbog neizravnih utjecaja kao što su gubitak staništa, klimatske promjene i dr. Gubitak biološke raznolikosti negativno utječe i na čovjeka. Kako bi se usporio nestanak vrsta na Zemlji, na razini pojedinih država, ali i međunarodnoj razini, donose se propisi i mjere za zaštitu vrsta i njihovih staništa.
Mjere zaštite životinjskih, biljnih i gljivljih vrsta u Republici Hrvatskoj propisuju se u sklopu izdavanja različitih dopuštenja za postupanje sa zaštićenim vrstama, akcijskih planova i planova upravljanja, planova gospodarenja prirodnim dobrima, ocjena prihvatljivosti za ekološku mrežu, procjena utjecaja na okoliš i drugih obvezujućih dokumenata, a često su i dio različitih uputa i preporuka kojima se nastoji osigurati dobro stanje populacija divljih vrsta te zaštita vrsta koje su ugrožene.
Divlje vrste su one vrste koje nisu nastale pod utjecajem čovjeka kao posljedica umjetnog odabiranja (odabir i uzgoj u svrhu dobivanja pasmina udomaćenih životinja i sorti kultiviranih biljaka) ili genetske modifikacije nasljednog materijala tehnikama moderne biotehnologije, a to su primjerci samoniklih biljaka, gljiva i slobodnoživućih životinja te njihovi uzgojeni primjerci, njihovi razvojni oblici (jaja, ličinke, kukuljice, sjemenke, plodovi, miceliji i dr.), njihovi dijelovi i derivati i od njih dobiveni lako raspoznatljivi proizvodi.
Zavičajne divlje vrste koje su ugrožene ili su usko rasprostranjeni endemi ili divlje vrste za koje je takav način zaštite propisan propisima Europske unije kojima se uređuje očuvanje divljih biljnih i životinjskih vrsta ili međunarodnim ugovorima kojih je Republika Hrvatska stranka, navedene su u Pravilniku o strogo zaštićenim vrstama (NN 144/13 i 73/16).
Zaštitu uživaju i samonikle biljke i gljive, te divlje životinje koje se nalaze u nacionalnom parku, strogom rezervatu, te u posebnom rezervatu ako se radi o samoniklim biljkama, gljivama, te divljim životinjama radi kojih je područje primarno zaštićeno, kao i sve podzemne životinje, i kad nisu zaštićene kao pojedine vrste.
Kako bi se spriječio negativan utjecaj na autohtonu floru i faunu zabranjeno je uvođenje alohtonih (stranih) divljih vrsta u prirodu na područje Republike Hrvatske i u ekološke sustave u kojima prirodno ne obitavaju, a iznimno Ministarstvo može izdati dopuštenje za uvođenje ako je ono znanstveno i stručno utemeljeno i prihvatljivo s gledišta zaštite prirode i održivog gospodarenja, što se utvrđuje temeljem studije o procjeni rizika uvođenja na prirodu.
Ministarstvo uspostavlja i organizira praćenje stanja očuvanosti prirode (monitoring), koje obuhvaća: praćenje i ocjenu stanja divljih vrsta, njihovih staništa, stanišnih tipova, a osobito praćenje stanja nacionalno ugroženih vrsta i staništa, vrsta propisanih posebnim propisima donesenim na temelju Zakona o zaštiti prirode te svih vrsta ptica koje prirodno obitavaju na području Republike Hrvatske, kao i praćenje stanja zaštićenih i drugih dijelova prirode. Podaci prikupljeni praćenjem stanja očuvanosti prirode su javni, osim ako se radi zaštite kritično ugroženih vrsta i/ili usko rasprostranjenih endemičnih vrsta ili staništa te iznimno rijetkih fosila i minerala ne proglase tajnim.
Zabranjeno je istrijebiti zavičajnu divlju vrstu ili smanjiti broj jedinki u pojedinoj populaciji zavičajne divlje vrste, smanjiti ili oštetiti njezino stanište ili pogoršati njezine životne uvjete do te mjere da ta populacija postane ugrožena. Za obavljanje aktivnosti koje mogu dovesti do značajnog smanjenja brojnosti jedinki u pojedinoj populaciji neke zavičajne divlje vrste koja nije vrsta iz stavaka 3. i 4. članka 59. Zakona, pravna i fizička osoba dužna je ishoditi dopuštenje Ministarstva.
Pri izdavanju akata kojima se odobrava provedba zahvata u prirodi i korištenje prirodnih dobara kojima se utječe na zavičajne divlje vrste ili se zadire u njihova staništa, tijela nadležna za izdavanje tih akata prema posebnim propisima dužna su uzeti u obzir načine i metode kojima se ne narušava populacija divlje vrste do te mjere da postane ugrožena.
Ovi načini i metode za zahvate iz područja prometa, energetike, vodnog gospodarstva, rudarstva i drugih sektora koji utječu na zavičajne divlje vrste i njihova staništa, propisuje se posebnim pravilnikom ili u obliku smjernica (ukoliko već postoje kao pravila struke i/ili međunarodna praksa primjene mjera zaštite divljih vrsta i njihovih staništa).